检测方法
由于抗生素在废水中的浓度相对较低，所以抗生素的检测一般都是微量或是痕量分析，常采用具有高灵敏度的仪器进行检测。各研究机构对畜禽废水中抗生素的检测技术主要有色谱法和其联用技术、酶免疫分析法、毛细管电泳法等。
色谱分析方法
液相色谱法（LC）在废水抗生素的检测中是最常见的，LC具有分离效能好，检测速度快且重现性好的特点。LC法所用的检测器有紫外检测器(UV)，荧光检测器，以及二级管阵列检测器。
高效液相色谱-紫外检测器
高效液相色谱-紫外检测器联用检测技术是最早用于环境中抗生素的分离检测，由于其操作简便以及成本低，被用于畜禽废水中抗生素的检测。
液相色谱-荧光检测器
液相色谱-荧光检测器因为其检测限低所以也被用于畜禽废水中抗生素的检测，通常对本身具有荧光性的抗生素液相色谱-荧光检测器可以直接检测出，但是对于本身不具有荧光性或荧光性差的抗生素，需要对其衍生化来提高目标物的荧光特性以便检测。
液相色谱串联质谱技术
色谱可以用于多组分混合物的分离和分析，可以对有机化合物进行定量分析，但是定性较困难，质谱仪能够对单一组分提供高灵敏度和特征的质谱图，但对复杂化合物无分析能力。所以将色谱与质谱进行联用（或是串联质谱），对复杂化合物中微量和痕量组分的定性和定量分析具有重要的意义。
由于畜禽废水中有多种类的抗生素同时存在，利用色谱和质谱的联用技术可以提高抗生素的定性、定量分析的可靠性、准确性、灵敏度。
酶免疫分析方法
酶免疫分析方法具有操作简单，前处理简化，分析成本低、灵敏、特异性强、检测快速，不需要昂贵的仪器等，而且可以同时测定几个样品，但是酶免疫分析方法对试剂的选择性高，很难同时分析多种成分，对结构类似的化合物有一定程度的交叉，分析分子量很小的化合物和不稳定的化合物有一定的困难。
用酶免疫分析方法试剂盒检测地表水、地下水中的四环素和泰勒菌素，检测分别为0.05μg/L,0.1μg/L。其结果表明，该方法成本低、检测快，可用于水中的四环素、氯四环素、泰勒菌素的初筛检测。
毛细管电泳法
毛细管电泳法是离子或荷电粒子以电场为驱动力在毛细管中按其速度或分配系数不同进行高效分离分析大的新技术。毛细管具有良好的散热效能，可允许在毛细管两端加上高电压的，因此毛细管电泳法反应快，分离效力高的优点。
放射免疫测定法
经典的放射免疫测定基本原理和酶免疫分析是相同的，但所不同的是反应的放大指示系统不是酶和底物，而是放射性同位素。用于抗原或抗体标记的同位素通常是放射性较小的β放射原，最常用的是同位素是3H和14C，放射性不强、用量也极微小，比较安全。